I Voxel Bot spiller du som en robot, der skal fjerne alle terninger i banen. Ved at hoppe fra terning til terning ændrer du farven på terningerne, og når alle terningerne er lilla, har du klaret banen. For at gøre dit mål sværere er der fjender, du ikke må røre, eller som forsøger at fange dig. For at gøre det endnu mere udfordrende er der pigge, der slår til, når du er for længe inaktiv på en terning. Banerne bliver mere komplekse, efterhånden som spillet skrider frem. Nye mekanikker vil blive introduceret, såsom en grøn terning, der lader dig bevæge dig længere, og en terning, der kan være solid eller ikke-solid ved at trykke på en knap.