En ung kvindelig magiker samler juveler til sine magiske kræfter i en mørk og dyster magisk skov. Hun skal samle magiske juveler, der indeholder elementer såsom ild, jord, vand og torden. Du skal hjælpe hende med at samle disse juveler, men du har kun 100 træk til at fuldføre alle mål. Med hvert fuldførte mål vil du stige i niveau og tjene flere point. Jewel Mysteries er et stærkt highscore-baseret spil med mål og begrænsede træk. Du skal fjerne juveler ved at klikke på grupper af 3 eller flere juveler. Hvis du laver en sammenhængende kombination på 7, vil du gå ind i juvel-BURST-tilstand. I juvel-BURST-tilstand vil du optjene dobbelt point.